El Colegio Deusto fue reconocido como tal en 1961 para acoger a los estudiantes que quisieran complementar su preparación académica con la formación social y humana, en un clima de estudio y convivencia. El mismo espíritu guía al Colegio hoy en día, como es el lema de Ignaciano Amar y Servir.

Ha existido en su ubicación actual desde 1967. Desde entonces ha ido renovando gradualmente sus instalaciones, equipándolas con un baño completo, conexión a Internet, teléfono, muebles nuevos y funcionales.